分子对接方法中的两个重要问题:

发布于 2021-04-18 16:19:29
【多选题】
A 如何找到最佳的结合位置(取样Sampling):在考虑受体分子结合部位空间限制的情况下,对配体分子可能采取的构象进行采样。生成配体分子构象的方法可以采用蒙特卡洛方法、基因算法以及分子动力学等方法。
B 如何评价对接分子间的结合强度(评分Scoring):计算配体分子与受体分子的结合能,可以采用分子力场、量子力学计算或经验方法,需要考虑分子间相互作用(离子对、氢键、偶极-偶极、范德华相互作用等)、溶剂化效应等因素。

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