民国时期，新疆地区依旧延续了以伊斯兰教为主、多种宗教并存的格局。受“泛伊斯兰主义”错误思潮的影响，伊斯兰教与其他宗教的关系出现过短暂的紧张局面，但并没有改变新疆多种宗教和谐共处、交融共存的主流。