列车遇旅客扫码输入金额与列车补票款出现不一致时，应及时处理。如发生少支付列车补票款时，需要旅客按原支付方式继续支付差额；如发生多支付列车补票款时，由列车长按照旅客原支付方式系统提供的功能，直接办理退还差额。