identified petides在蛋白质组学分析中什么意思

在蛋白质组学分析中，"identified peptides"（鉴定的肽段）指的是通过质谱技术从生物样本中的蛋白质消化产物中鉴定出来的特定肽段。这个过程是蛋白质组学研究中的一个关键步骤，涉及到以下几个方面：

1. 样品制备：首先将生物样本中的蛋白质提取出来，然后通常使用胰蛋白酶等酶将其切割成肽段。

2. 肽段分离：利用液相色谱（LC）技术根据肽段的物理化学性质（如大小、电荷、疏水性）进行分离。

3. 质谱分析：

   • 在第一层质谱（MS1）中，肽段的质荷比（m/z）被测定。
   • 在第二层质谱（MS2）中，选定的肽段被进一步碎裂，生成更小的片段，这些片段的质荷比也被测定。

4. 数据库搜索：利用质谱得到的肽段质量指纹和序列信息，与蛋白质数据库进行比对，以鉴定肽段的起源。

5. 鉴定算法：使用如Mascot、SEQUEST或X!Tandem等软件进行数据库搜索，这些算法能够匹配实验数据与理论肽段的质量指纹。

6. 结果筛选：根据置信度阈值、p值、q值等统计参数筛选出可靠的肽段鉴定结果。

7. 蛋白质推断：虽然直接鉴定的是肽段，但最终目标通常是推断出肽段所属的蛋白质。

8. 生物学意义：将鉴定的肽段与生物学背景联系起来，解释它们在生物学过程中的作用。

9. 验证：可能需要使用其他实验技术来验证肽段的鉴定结果，如合成标准肽段进行质谱分析。

鉴定的肽段是蛋白质组学分析的基础，因为它们提供了关于蛋白质表达、翻译后修饰、蛋白质结构和功能的重要信息。这些信息对于理解细胞功能、疾病机制、药物作用等具有重要意义。