identified proteins在蛋白质组学分析中什么意思

在蛋白质组学分析中，"identified proteins"（鉴定的蛋白质）指的是通过质谱（MS）数据分析，成功从生物样本中鉴定出特定蛋白质的过程。这个过程通常涉及以下几个步骤：

1. 样品制备：从生物样本（如细胞、组织或体液）中提取蛋白质。

2. 蛋白质分离：使用二维凝胶电泳（2D-PAGE）或液相色谱（LC）等技术将蛋白质分离。

3. 蛋白质消化：通常使用特定的蛋白酶（如胰蛋白酶）将蛋白质切割成肽段。

4. 质谱分析：

   • 在第一层质谱（MS1）中，根据肽段的质荷比（m/z）进行分离和检测。
   • 在第二层质谱（MS2）中，对选定的肽段进行碎裂，生成特征性的肽段质量指纹。

5. 数据库搜索：将质谱数据与蛋白质数据库进行比对，使用搜索引擎如Mascot、SEQUEST或X!Tandem等，以鉴定肽段对应的蛋白质。

6. 结果筛选：

   • 根据置信度阈值、p值、q值等统计参数筛选出可靠的蛋白质鉴定结果。

7. 蛋白质注释：对鉴定出的蛋白质进行功能注释，包括它们在生物学过程中的作用、所属的蛋白质家族、可能参与的代谢途径等。

8. 结果解释：将鉴定的蛋白质与研究问题或假设联系起来，解释它们在生物学背景中的意义。

9. 验证：可能需要使用其他实验技术（如西方印迹、免疫沉淀、实时PCR等）来验证质谱分析得到的蛋白质鉴定结果。

在蛋白质组学研究中，准确鉴定蛋白质是理解生物学过程的基础，它可以揭示疾病状态下的变化、细胞功能、信号传导路径等重要信息。鉴定的蛋白质还可以作为潜在的药物靶标或生物标志物，对科学研究和临床应用具有重要价值。